A história do Arraial d´Ajuda, um povoamento típico dos aldeamentos jesuíticos do século XVI, começou com a construção da igreja, que recebeu a primeira romaria do Brasil e hoje acolhe cerca de 15 mil romeiros da Bahia e do restante do país, que durante a Festa da Santa, de 7 a 15 de agosto, chegam para pagar promessas, fazer pedidos e render graças à padroeira do distrito, dos marinheiros e das longas viagens.

O Arraial de Nossa Senhora foi mais uma homenagem a Tomé de Souza e aos primeiros jesuítas que aqui chegaram em 1549, com suas 3 naus: Conceição, Salvador e Ajuda, que viriam a ser nomes de cidades e de suas primeiras igrejas. Antes da construção da capela de palha só havia um planalto com uma plantação de um canavial. Na formação do povoado ajudou o ciclo da cana-de-açúcar e a partir de 1720, o do cacau.

Tiveram influências também outras culturas como piaçava, farinha de mandioca e pesca. Mas a maior de todos, sem dúvida, foi a peregrinação religiosa de centenas de pessoas que vinham em romaria e outros que mandavam buscar a água. Propagado pelos jesuítas que "fez Nossa Senhora mercê de abrir milagrosamente aquela fonte", a boa nova do milagre se espalhou por todas as capitanias do Brasil.

Em 1763, o Ouvidor Tomé Couceiro de Abreu escreve ao rei de Portugal sobre as “vilas e rios da capitania do Porto Seguro”, onde fala de Trancoso, Vale Verde, mas não menciona o Arraial. Há algumas hipóteses de que o Arraial seria a antiga vila de Santo Amaro, ou que se chamava de vila de “Insuacome”.

Até o início do século XIX o Arraial d'Ajuda parecia não existir com alguma notoriedade maior. Na formação da população do atual distrito tiveram influência vários grupos étnicos, os indígenas (índios pataxós) negros e os estrangeiros (portugueses, franceses, holandeses, ingleses e espanhóis).