Porto Seguro pasa a ser Capitanía Hereditaria

En la posesión de la nueva tierra, fueron creadas unas factorías, que servían de aguada para la escuadra portuguesa.En 1534 con la división administrativa del Brasil en Capitanías, Porto Seguro pasó a ser sede de la Capitanía y donada para Pero do Campo Tourinho por carta Regia de 27 de Maio de 1534 (fué creado el municipio) y por carta Foral de 23 de Setiembre de 1534.

Con la llegada de los portugueses, se inició la historia escrita del Brasil y la mezcla de culturas y razas.El permiso llamado de Alvará Regio de 20 de Octubre de 1795, creó la sede con la invocación de Nustra Señora da Pena.Fué elevada a la categoría ciudad a travez del acto Estadual de 30 de Junho de 1891, por el entonces presidente de la provincia de la Bahía, José Gonçalves.Tuvo como primer Intendente o Consejero Municipal al médico y profesor Antonio Ricaldi.

Porto Seguro fué sede de una de las 15 capitanías Hereditarias con que el Rey Don João III mando dividir el inmenso territorio brasilero, en una incipiente tentativa de promover su colonización y administración.Curiosamente, la actual capital de Brasil, dibujada por Lucio Costa y enmarcada por fabulosos edificios de Oscar Niemeyer, está dentro de los límites de la entonces capitanía de Pero de Campo Tourinho, que se instaló aquí entre 1535 y 1547 con la familia y más de una centena de portugues.De este tiempo Porto Seguro, guarda la iglesia de la Misericordia, el antiguo Palacio Municipal y la Iglesia de la Pena, cuya tradición nos hace remontar a 1503, en una imagen guardada ahí de San Francisco de Assis.